控制器一般是安装在通风柜门前的两侧，使用微电脑控制的，利用微机进行复杂的逻辑计算与控制，对通风柜上各种机电设备的运行进行管理，并利用传感器去除呼吸机的物理参数，供操作者使用。微机的使用能提高各种设备的运行可靠性，简化了系统设备的复杂性。

使排风风速稳定在用户设定的风速范围内，由于液晶显示器的使用，操作简单直观。多种工作方式（待机、强制排风、人/无人排气）使该装置更加节能实用。先进的风速标定方法能更准确地检测出实际风速，从而实现实时准确的排风控制。

而通风柜控制器电路的主要功能是完成对外界环境的输入，如人的输入、窗口的打开、反馈输入和手动输入。通过判断和计算，输出一定的电压控制文丘里阀，形成闭环控制。控制器通过RS 485总线将当前排气柜的排气量传递给风补偿控制器。

全然通风有自然通风和机械通风。常用于室内不设通风柜而且又需排出有害物质的房间。

1、自然通风:室内和室外的热压温度差的使用，室内和室外的空气密度差的室内有害气体排到室外，造成的，靠窗让空气任意流动，称为无组织依靠自然通风;风进风口和一个轴，以便在所需方向的空气流，称为有组织的自然通风。

有组织的自然通风，常用的方法是安装在外墙、门下部下百叶窗通风，并设置一个垂直轴里面的房间。只适用于低浓度有害物质的房间，适用于室内温度高、室外空气温度高的场合。

2、机械通风:自然通风不能满足室内通风要求，应采用机械通风，特别是危险品仓库、药库等。尽管自然通风，机械通气也是必要的，以考虑事故通风。常用的方法是在轴上安装轴流风机，但效果不佳，尽量避免在车窗外壁安装轴流风机，以避免噪音。对于散发有腐蚀气体的房间如酸库等，不宜使用轴流通风机;对于散发易爆气体的房间，一定要采用防爆通风机。