超净工作台普遍适用于医药卫生、生物制药、食品、医学科学实验、光学、电子、无菌室实验、无菌微生物检验、植物组培接种等需求部分干净无菌工作环境的科研和消费部门，其原理在于在特定的空间内，室内空气经预过滤器初滤，由小型离心风机压入静压箱，再经空气高效过滤器二级过滤，从空气高效过滤器出风面吹出的干净气流具有一定的和平均的断面风速，能够扫除工作区原来的空气，将尘埃颗粒和生物颗粒带走，以构成无菌的高干净的工作环境。

有人在运用超净工作台的过程中，由于操作上的不标准，会招致超净工作台遭到污染，因而定期对超净工作台停止清洁工作是很有必要的，要做到：取样完毕后，先用毛刷刷往干净工作区的杂物和浮尘。用细软布擦拭工作台外表污迹、污垢目测无清洁剂残留，用清洁布擦干。定期用纱布沾上酒精将紫外线杀菌灯外表擦洁净，坚持外表清洁，否则会影响杀菌才能。每次运用终了，立刻清洁仪器，悬挂标识，并填写仪器运用记载。

除此之外，关于运用环境的选择，超净工作台也是有一定请求的，要做到：应安放于卫生条件较好的中央，便于清洁，门窗可以密封以防止外界的污染空气对室内的影响。严禁安放在产生大尘粒及气流大的中央，以保证支配区空气的正常活动。安放位置应阔别有震动及噪音大的中央。