超净工作台从操作人员数上分：分为单人工作台和双人工作台；超净工作台从结构上分：分为常规型和新型推拉以及自循环型（仅限垂直流）。

超净工作台根据气流的方向分为垂直层流超净工作台和水平层流超净工作台，垂直流工作台由于风机在顶部所以噪音较大但是风垂直吹，多用在医药工程这样保证人的身体健康；水平流工作台噪音比较小风向往外所以多用在电子行业，对身体健康影响不大。

超净工作台根据操作结构分为单边操作及双边操作两种。按其用途又可分为普通超净工作台和生物（医药）超净工作台。