当需要保护使用者和环境时，必须使用生物安全柜。在BSC中，有几种级别的选择和不同级别的保护。

一级生物安全柜仅用于保护操作人员。

II级和III级可保护产品或样本，用户以及环境免受污染。

II级机柜可通向工作区，而III级BSC（通常称为杂物箱）可在用户和工作区域之间提供屏障。

III级生物安全柜对于与任何4级生物安全剂或其他危险材料（如病原体或毒素的气溶胶）一起使用至关重要。

生物安全柜按照平行模式在工作表面上形成单向层流。但是，净化工作台不是生物安全柜。净化工作台配置为保护工作台上的工作。由于气流将气溶胶或微粒从工作表面推向操作员，因此它们不能保护操作员。

在需要生物安全的地方，可针对人员，工作表面以及环境保护，防止空气中的微粒和生物物质进入。该机柜在运行期间会在机柜内部保持负压，以防止污染物逸出工作区域。

进入的空气在开口处被捕获并通过HEPA过滤器。空气以层流模式向下流动到工作表面，在那里空气分裂并重新进入气室。在这里，70％的空气进行再循环，而30％的空气通过另一个HEPA过滤器排出到房间。